生物化学、有机化学、物理化学、化工原理、药物合成化学、制药工艺学、药物化学、药理学、药剂学、药物分析、天然药物化学等。制药工程作为一个化学生物学，还有药学的交叉类学科，所要学习的课程还是非常多的，其中就包括了生物学，化学还有药学等多门学科。
毕业后可制药工程专业从事一切与药物有关的工作。研发人员：在药厂、大学、研究所的研究部门，从事药物研发工作；生产、技术人员：在药厂，从事药品生产、技术工作；质检化验人员：在药厂、食品厂、药检所，从事食品药品质检化验工作；
管理人员：在药厂，从事药物的生产技术管理等工作；营销人员：在药厂、医药营销公司，从事药品营销、内勤等工作；药剂师：在医院药剂科，从事制剂、质检、临床药学等工作;在药店、医药营销公司，从事药品使用指导咨询等工作
药检人员：在药检所从事药物的质量鉴定和制定相应的质量标准；公司职员：在医药贸易公司或制药企业从事药品流通及国内外贸；药品监督人员：公务员，在国家、省、市、县药品监督局，从事食品药品质量监督等工作；考研：报考生命科学、生物技术、药学及相关专业的研究生。
制药工程专业就业前景：这个专业学风不错，教学老师水平较高，但是工作都是自己去找，所业就业率与学校无关。最近几年化工特别缺人，所业应该不难就业。但是药厂的车间操作工，实验研究人员，分析人员，不是很缺。就业学生85%在药厂，10%在化工，5%在其他行业，与本专业无关。