扬州大学有汉语言文学、数学与应用数学、化学、水利水电工程、农学、动物医学、应用化学、农业水利工程等重点专业。扬州大学是江苏省人民政府和教育部共建高校，江苏省属重点综合性大学。
重点专业
国家级特色专业：动物医学、农学、化学、数学与应用数学、水利水电工程、汉语言文学。
国家重点学科：作物栽培与耕种学、预防兽医学。
国家重点培育学科：动物遗传育种与繁殖。
江苏高校品牌专业一期建设：汉语言文学、农学、数学与应用数学、化学、动物医学、生物技术。
江苏省重点专业：经济学、国际经济与贸易、法学、思想政治教育、体育教育、社会体育指导与管理、教育学、教育技术学、汉语言文学等。
扬州大学所设专业
| 学院 | 专业 | |||
| 扬州大学文学院 | 汉语言文学、汉语国际教育、秘书学 | |||
| 扬州大学社会发展学院 | 历史学（师范）、档案学、社会工作、哲学 | |||
| 扬州大学马克思主义学院 | 思想政治教育（师范） | |||
| 扬州大学美术与设计学院 | 美术学、艺术设计、服装设计与工程音乐表演 | |||
| 扬州大学音乐学院 | 音乐表演、音乐学 | |||
| 扬州大学法学院 | 法学 | |||
| 扬州大学外国语学院 | 英语（师范）、翻译、商务英语、日语、朝鲜语、法语、阿拉伯语 | |||
| 扬州大学数学科学学院 | 数学与应用数学、信息与计算科学、统计学 | |||
| 扬州大学物理科学与技术学院 | 物理学、电子信息科学与技术、微电子科学与工程、光电信息科学与技术 | |||
| 扬州大学化学化工学院 | 化学、应用化学、高分子材料与工程、制药工程、化学工程与工艺 | |||
| 扬州大学教育科学学院 | 教育学、小学教育、学前教育 | |||
| 扬州大学新闻与传媒学院 | 广播电视学、教育技术学、摄影 | |||
| 扬州大学体育学院 | 体育教育、社会体育指导与管理、武术与民族传统体育 | |||
| 扬州大学机械工程学院 | 机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、农业机械化及其自动化、工业设计、车辆工程 | |||
| 扬州大学信息工程学院 | 计算机科学与技术、软件工程、电子信息工程、通信工程、自动化、信息管理与信息系统、网络工程、物联网工程 | |||
| 扬州大学建筑科学与工程学院 | 建筑学、土木工程（建筑工程方向、交通土建工程方向）、工程管理、交通工程 | |||
| 扬州大学水利与能源动力工程学院 | 水利水电工程、农业水利工程、水文与水资源工程、港口航道与海岸工程、能源与动力工程、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、建筑环境与能源应用工程、建筑电气与智能化、新能源科学与工程 | |||
| 扬州大学环境科学与工程学院 | 给水排水工程、环境工程、资源环境学、环境科学、海洋生物资源与环境 | |||
| 扬州大学农学院 | 农学、农村区域发展、种子科学与工程 | |||
| 扬州大学园艺与植物保护学院 | 植物保护、生态学、园艺、园林 | |||
| 扬州大学动物科学与技术学院 | 动物科学、水产养殖学、草业科学 | |||
| 扬州大学兽医学院 | 动物医学 | |||
| 扬州大学生物科学与技术学院 | 生物技术、生物科学（含师范）、生物工程 | |||
| 扬州大学医学院 | 临床医学（五年）、护理学、药学、中西医临床医学（五年） | |||
| 扬州大学商学院 | 经济学、财政学、金融学、国际经济与贸易、农林经济管理、国际商务、工商管理、市场营销、人力资源管理、电子商务、会计学、财务管理、行政管理、公共事业管理 | |||
| 扬州大学旅游烹饪学院（食品科学与工程学院） | 旅游管理、烹饪与营养教育、食品卫生与营养学、食品科学与工程、食品质量与安全、乳品工程 | |||
| 扬州大学广陵学院 | 文法系、经济管理系、机械电子工程系、土木电气工程系、化工与医药系、旅游与艺术系、基础部 | |||