不会影响，高校专项计划属于提前批次，本科一批属于第一批次，两者不是同一批次。高校专项计划被退档是不影响本科一批录取的，可以继续填报第一批次。
高校专项计划的利弊
高校专项计划是国家为更好地促进教育公平、让更多的农村学生上大学而出台的一项优惠政策。定向招收边远、贫困、民族等地区县(含县级市)以下高中勤奋好学、成绩优良的农村学生，招生高校为教育部直属高校和其他自主招生试点高校。
高校专项计划增加了农村学生的学习机会，可以更加突出教育公平，可能一个对高考生不好的地方就是增加了入学的竞争。报考农村专项计划的优惠政策很大，重点院校基本上都可以优惠30-60分，有的学校甚至达到本科一批分数线就可以录取。
符合报考条件的农村考生可以报考农村专项计划，参加农村专项计划招生的都是部属或省属的重点院校，要是按照普通考生录取，会高出一本分数线很多分，而农村专项计划一般都是在本科一批分数线上投档录取。
但是国家高校专项计划也有其弊端，首先就是考生专业选择余地比较小;其次重点高校招收农村学生专项计划批一般都会和考生签订协议的，毕业之后按协议执行，一般是回生源地工作;还有一点需要注意的是，高校专项计划毕业之后，要离开大都市，下到基层城镇甚至农村，条件可能艰苦，收入可能比城市的同学低。
报考专项计划院校注意事项
1、有的院校允许考生现在多所院校报名，有的则是有所限制。有的规定可以报三所院校，有的规定最多报两所，有的则规定只允许报一所院校，有的院校要求考生在自主招生和高校专项计划二者之间选择一个，不能兼报，这也要考生和家长注意。
2、报名条件
报名条件报考基本报名条件和附加报名条件，基本报名条件一般包括(一)符合统一高考报名条件。
(二)本人及父亲或母亲或法定监护人户籍地在实施区域的农村，本人具有当地连续3年以上户籍。
(三)本人具有户籍所在县高中连续3年学籍并实际就读。这是教育部的规定，是考生必须同时具备的，不具备这些条件不能参加报名。考生是否具备这些条件需要自己清楚，具体可以找有关部门咨询。
附加条件是招生院校自己规定的条件，报考招生地域，有的院校是在全国范围内招生，有的则有限制条件。还包括院校对于考生成绩的要求，报考考生三年总成绩和单科成绩要求等，对于这些考生和家长也要务必注意。
3、高考专项计划都是在提前批或者单列批次填报志愿，如果填报专项计划志愿没有被录取，不会影响其它普通批次学校的录取。
比如一本招生的专项计划学校，会在一本批次前专门设立一个一本专项计划批次填报志愿 ，如果没有被录取，后面的一本批次志愿照样可以被录取。
