综合而言，复旦大学在理学、人文社科、医学、管理学等方面的实力位居全国高校前列，综合实力非常强大。复旦大学最好的四个王牌专业是数学、新闻传播学、临床医学、经济学。
复旦大学重点学科
世界一流学科建设学科：哲学、政治学、中国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、环境科学与工程、基础医学、临床医学、中西医结合、药学、机械及航空航天和制造工程、现代语言学
国家级特色专业：汉语言文学、预防医学、生物科学、哲学、物理学、基础医学、经济学、历史学、数学与应用数学、化学、国际政治、核技术、管理科学
复旦大学的四大王牌专业
1、数学
数学一直是复旦大学的王牌专业，数学与应用数学在全国具有领先地位，苏步青、谷超豪等著名数学家都出自复旦数学系，全国来说，复旦数学仅次于北京大学。数学是复旦最火的专业之一，每年转专业竞争最激烈的就是转进数学系，大多数人都宁愿为了转专业多读一年本科。
2、新闻传播学
复旦新闻是复旦大学的另外一张王牌，历史悠久，创建于1929年。在南方，如果说经管方面的对手是上海交大，那么新闻方面，复旦是没有对手的，在上海新闻界人脉处于垄断地位。复旦新闻侧重于专业素质的培养，让做财经新闻的人懂经济，让做广电技术的人懂技术。与复旦新闻相比较，人民大学的新闻侧重于理论，中国传媒大学侧重于广电系统，另外中山大学、清华大学的新闻近些年发展也很迅猛。
3、临床医学
复旦大学的临床医学学科在国内属于顶尖水平，前身为上海医科大学临床医专业，在第四轮教育部学科评估中，评估结果是A，仅次于上海交通大学和浙江大学。临床医学学科中，内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、妇产科学等9个学科都是国家重点学科。附属医院众多，并且实力强劲，如中山医院、华山医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、眼耳鼻喉科医院。
4、经济学
复旦大学经济学科创办于1917年，1952年全国院系大调整中，由复旦大学、南京大学、金陵大学、圣约翰大学、安徽大学、震旦大学、上海学院、大夏大学、英士大学等9校经济学系合并组成新经济学系，从此复旦经济学科步入全国顶尖行列。
除此之外，复旦大学工科中的微电子、社科中的哲学和国际政治、理科中的生物学等专业也很厉害。