河海大学王牌专业有水文与水资源工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、土木工程、环境工程、计算机科学与技术、电气工程及其自动化等。
河海大学优势学科
国家特色专业建设点：水文与水资源工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、土木工程、环境工程、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、工程力学、能源与动力工程、通信工程、农业水利工程、新能源科学与工程、物联网工程
江苏省品牌专业：水利水电工程、环境工程、工程力学、土木工程、物联网工程
世界一流学科建设学科：水利工程、环境科学与工程
一级学科国家重点学科：水利工程
二级学科国家重点学科：工程力学、岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口海岸及近海工程
二级学科国家重点学科培育点：环境工程、技术经济及管理
第四轮学科评估：学校水利工程学科获评A+。土木工程和环境科学与工程2个学科位列A类，马克思主义理论、管理科学与工程、工商管理3个学科获评B+，力学、农业工程、计算机科学与技术、软件工程、社会学5个学科获评B，电气工程等5个学科获评B-。
河海大学重点专业
一、环境科学与工程：本专业一级学科具有博士学位授予权；入选江苏省重点学科并被列为国家重点一级学科培育点，2017年入选一流学科建设名单中；在全国第四轮学科评估中获评A-。
二、水利水电工程：本专业是河海大学最具实力的传统学科之一，为国家的水利建设作出了卓著的贡献；其一级学科是国家重点学科，拥有博士学位授予权并建立了博士后流动站；其水力发电试验中心属于水利部重点实验室。
三、土木工程：土木工程为国家一级重点学科培育点，江苏省一级重点学科及江苏省优势学科建设工程学科；设有土木工程博士后流动站，拥有土木工程一级博士学位授予权；在第四轮学科排名中并列第7位，排名达到参评高校前5.2%。