平行院校志愿的投档原则是“分数优先、遵循志愿”。普通类平行院校志愿的投档具体办法是：按考生科目组类别，并按考生总成绩从高分到低分顺序，依次检索考生所填A、B、C或A、B、C、D、E志愿，被检索的3所或5所院校中一经出现符合投档分数的院校，即向该院校投档，如没有出现符合投档分数的院校，则不能投档。
平行志愿填报的要点
第一，平行志愿虽然是平行的，但同样是有顺序的。有人片面认为平行志愿没有顺序，几所院校都一样，这是不对的。录取时是按照考生自己填报的顺序依次进行检索。因此，一定要把最想去的院校放在最前面。
第二，平行志愿的几所院校一定要有梯度。第一所院校的录取分数可以高一些，往后要按照院校今年可能的录取分数梯次降序排列。否则，若第一所院校录取不上，后面几所院校有可能都录取不上，成为无效志愿。
第三，平行志愿的倒数第1、2所院校一定要保底。各省实行平行志愿的批次大都只有一个志愿顺序，不再设置后续志愿。如果在平行志愿这个志愿顺序上保不住底，在本批次就只有征求志愿的机会了。但大家一定要清楚，就往年的录取情况看，有征求计划的院校在本批次的档次一般都较低。而且实行平行志愿之后，完不成招生计划的院校要相对减少，对通过征求志愿被院校录取的期望不要过高。
第四，要科学分析院校录取数据。对于那些首次实行平行志愿的批次，一定要慎重参考往年的院校录取数据。一般的说，多数院校实行平行志愿之后，录取分数相对于未实行平行志愿之前将有所变化——最高录取分可能会比往年有所下降，最低录取分数可能会比往年有所提高。因此，建议大家最好参考往年的平均录取分数或结合往年院校各分数段录取人数分布情况进行综合分析，这样会更可靠一些。
