东南大学王牌专业主要有建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、艺术学理论、电子科学与技术、仪器科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、城乡规划学等。
东南大学优势专业
重点学科
“双一流”建设学科（11个）
材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论
国家重点学科
一级学科国家重点学科（5个）
电子科学与技术（物理电子学，电路与系统，微电子学与固体电子学，电磁场与微波技术）
信息与通信工程（通信与信息系统，信号与信息处理）
建筑学（建筑历史与理论，建筑设计及其理论，城市规划与设计，建筑技术科学）
交通运输工程（道路与铁道工程，交通信息工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程）
生物医学工程（不分设二级学科）
二级学科重点学科（5个）
艺术学，热能工程，控制理论与控制工程，计算机应用技术，结构工程
国家重点（培育）学科（1个）
机械制造及其自动化
一级学科省重点学科（14个）
哲学、数学、生物学、 统计学、光学工程、仪器科学与技术、环境科学与工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、临床医学、公共卫生与预防医学、管理科学与工程、艺术学理论
东南大学第四轮学科评估结果
东南大学共有31个学科参评，12个学科进入A类。评估结果是A+的学科5个、A的学科1个、A-的学科6个。东南大学获得A+的学科数并列全国高校第八，位列江苏高校第一。
其中，建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、艺术学理论等五个学科评估结果为A+；电子科学与技术学科评估结果为A；仪器科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、城乡规划学、风景园林学、管理科学与工程等6个学科评估结果为A-。